《金刚狼2》故事承接《X战警3》格雷琴之死，空虚寂寞冷的狼叔躲在加拿大山岭思过，与熊和挥之不去的噩梦 为伴。老狼叔虽说不食人间烟火，但人性尚在，故又经不住东瀛红发女郎的诱惑，被忽悠到了日本与一位临终 老友告别，结果不死之身的老狼严重的水土不服，险些送命。
金刚狼独自在山林间过着隐居生活，但每日恶梦不断，某日他相遇日本女孩雪绪，雪绪接受主人矢志田指 派，已寻找金刚狼很长一段时间。金刚狼曾在第二次世界大战期间出手相救矢志田，已成为富商的矢志田病危 ，希望在死前和金刚狼见最后一面，于是金刚狼和雪绪一起来到了东京。
矢志田过世后，他的孙女真理子遭到不明人士追杀，金刚狼开始保护真理子，两人一起逃亡，并因此互生 情愫，但追杀真理子的人马不只一路，而金刚狼的自愈能力也在逐渐减弱中，他能够查明整件事情的真相吗？ 他能保护真理子全身而退吗？